Trong thời gian ông cầm quyền, các cải tiến đáng kể nhất là hệ thống cơ sở hạ tầng, đường bộ và đường dây thông tin với sự giúp đỡ của Liên Xô, và các hoạt động nhằm nâng cao tỉ lệ biết chữ trong nước.

Choibalsan giữa chức vụ Thủ tướng cho đến khi ông qua đời tại Moskva vào ngày 26 tháng 1 năm 1952. Các chết của ông liên quan đến sự lão hóa. Joseph Stalin đã bình luận, "Họ chết vì những thứ khác. Shcherbakov, Zhdanov, Dimitrov, Choibalsan... qua đời rất nhanh chóng ! Chúng ta cần chuyển các bác sĩ già sang việc khác."[2] Dưới sự tra khảo, các tù nhân bị bắt giữ đã bắt buộc phải cung cấp các "chứng cứ" rằng các bác sĩ của điện Kremlin, do bác sĩ riêng của Stalin chỉ huy, trên thực tế đã ám sát Choibalsan và những người khác giống như đề cập của Stalin.[2]